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| 編輯推薦： |
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本书涉及计算机辅助的生物、药物分子模拟，量子化学计算，通过对不同药物分子和DNA四链体的分子动力学研究，来展示分子模拟过程
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| 內容簡介： |
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分子模拟技术在研究药物与靶点之间相互作用机制方面，展示了实验不可比拟的优势。本书以分子对接、分子动力学、量子化学计算等方法为研究手段，模拟了不同有机配体与平行型，反平行型和杂化型以及高阶端粒DNA G-四链体形成的复合物的动力学行为，通过讨论平衡状态时复合物的结合方式、结合自由能以及中心G-四集体的电子性质等，从分子水平深入分析了端粒DNA G-四链体沟槽的结构特征，以及不同的结构特征对配体结合的影响，为针对不同端粒DNA G-四链体沟槽的药物设计提供理论依据。
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| 目錄：
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第1章绪论
1.1DNAG-四链体简介
1.1.1小分子配体靶向DNAG-四链体的抗肿瘤作用机制
1.1.2DNAG-四链体末端堆积配体
1.1.3DNAG-四链体沟槽结合配体
1.2药物配体与生物大分子的相互作用及选择性
1.2.1药物配体与生物大分子的相互作用
1.2.2药物配体与生物大分子的选择性
1.3生物大分子计算机模拟方法
1.3.1生物大分子的构建--同源模建方法及应用
1.3.2分子对接方法及应用
1.3.3分子力学和分子动力学原理与应用
参考文献
第2章配体与平行型DNAG-四链体沟槽相互作用的理论研究
2.1引言
2.2Dist-A二聚体与[d（TGGGGT）]4序列G-四链体的动力学模拟
2.3Dist-A二聚体与[d（GGGGGG）]4序列G-四链体复合物的动力学模拟
2.4三层连续G-四集体鸟嘌呤碱基的电子性质
2.5基于平行型DNAG-四链体沟槽的药物设计
参考文献
第3章Dist-A及其衍生物与反平行型DNAG-四链体相互作用的分子动力学研究
3.1引言
3.2Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNAG-四链体的分子对接
3.3Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNAG-四链体的动力学模拟
3.3.1动力学模拟体系
3.3.2Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNAG-四链体宽沟槽方向上的动力学行为
3.3.3Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNAG-四链体中沟槽方向上的动力学行为
3.3.4Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNAG-四链体窄沟槽方向上的动力学行为
3.3.5配体在不同位点的结合对沟槽宽度的影响
3.3.6MM_GBSA能量分析
参考文献
第4章类固醇衍生物选择性识别端粒DNAG-四链体B-DNA的分子动力学研究
4.1引言
4.2类固醇衍生物与杂化型端粒DNAG-四链体的分子对接
4.3SteroidFG与杂化型端粒DNAG-四链体复合物动力学模拟
4.4SteroidFG与B-DNA复合物动力学模拟
4.5MM_PBSA能量计算
4.6基于杂化型端粒DNAG-四链体沟槽的药物设计
参考文献
第5章浙贝碱与端粒DNAG-四链体的分子动力学研究
5.1引言
5.2浙贝碱与端粒DNAG-四链体的分子对接
5.2.1配体的选择
5.2.2端粒DNAG-四链体的选择
5.2.3分子对接
5.3浙贝碱与端粒DNAG-四链体的分子动力学模拟
5.3.1复合物动力学模拟体系及模拟时间
5.3.2浙贝碱1NP9（1∶1）复合物的动力学模拟
5.3.3浙贝碱1NP9（2∶1）复合物的动力学模拟
5.3.4浙贝碱1KF1复合物的动力学模拟
5.3.5浙贝碱143D复合物的动力学模拟
5.3.6G-四链体的沟槽结构对浙贝碱结合的影响
5.3.7G-四链体TTA环结构对浙贝碱结合的影响
5.3.8浙贝碱与端粒酶G-四链体的自由能
第6章螺旋烃M与高阶端粒DNAG-四链体的分子动力学模拟研究
6.1引言
6.2螺旋烃M与不同高阶端粒DNAG-四链体的分子对接
6.2.1螺旋烃M分子结构
6.2.2分子对接结果
6.3高阶端粒DNAG-四链体的分子动力学模拟
6.3.1二阶端粒DNAG-四链体及其复合物的动力学模拟
6.3.2三阶端粒DNAG-四链体及其复合物的动力学模拟
6.4高阶端粒DNAG-四链体的PCA分析
6.5高阶端粒DNAG-四链体的均方根涨落值分析
6.6螺旋烃M对二重复单元端粒DNAG-四链体结构的影响
6.7螺旋烃M对三重复端粒DNAG-四链体结构的影响
参考文献
第7章RNA适配子与NF-（BP50相互作用的分子动力学模拟研究
7.1引言
7.229-ntRNAP50复合物的分子动力学模拟
7.2.129-ntRNAP50复合物分子动力学模拟的轨迹稳定性
7.2.2复合物结构的波动性
7.2.3RNA和P50的静电势
7.2.429-ntRNA与P50相互作用位点
7.2.5P50单体分子动力学模拟的轨迹稳定性
7.2.6P50单体结构的波动性
7.2.729-ntRNAP50复合物体系自由能
7.3自由29-ntRNA的构象动力学模拟
7.3.1自由29-ntRNA分子动力学模拟的轨迹稳定性
7.3.2自由29-ntRNA结构的波动性
7.3.3自由29-ntRNA分子动力学模拟构象
7.3.4自由29-ntRNA螺旋参数
7.4突变RNA的构象动力学模拟
7.4.1突变RNA分子动力学模拟轨迹的稳定性
7.4.2突变RNA结构的波动性
7.4.3突变RNA螺旋参数
7.4.4自由29-ntRNA和突变RNA的自由能
参考文献
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